Ernest Flammarion, fils cadet d’une famille installée à Paris sous le Second Empire, débute comme représentant de commerce chez l’éditeur Didier. Il visite régulièrement la librairie de Charles Marpon sous les arcades du théâtre de l’Odéon. Le 24 juin 1875, les deux hommes s’associent pour développer les ventes de livres au rabais. Marpon apporte les fonds, Flammarion, son énergie. Un an plus tard, ils publient leur premier livre : La Corde au cou du caricaturiste André Gill.
Les associés déploient leur activité de libraire et d’éditeur, créant des succursales à Paris et composant un catalogue diversifié par rachat de fonds et publication d’inédits. Ils reprennent une partie du catalogue Lacroix, éditeur progressiste des œuvres d’Émile Zola. Les livres illustrés sont souvent vendus en fascicules, à l’image de leur édition de L’Assommoir en 1878 puis, en 1879, de l’Astronomie populaire du frère aîné d’Ernest, Camille Flammarion.
Le catalogue s’enrichit d’ouvrages classiques, de recueils fantaisistes, de romans populaires, de documents d’actualité et de livres d’utilité pratique. Guy de Maupassant, Hector Malot, Georges Courteline et Alphonse Daudet font leur entrée au catalogue. Les associés rachètent la maison de Georges Charpentier, l’éditeur de l’école naturaliste. Ils créent le scandale en publiant le traité antisémite d’Édouard Drumont, La France juive. Enfin en mars 1887, ils lancent la collection des « Auteurs célèbres » à 60 centimes, promis à une large diffusion. À la mort de Charles Marpon le 25 juin 1890, les actifs de la société, installée en 1882 au 26 de la rue Racine, sont estimés à près de 3 millions de francs – trente fois plus qu’en 1875 !